1791年廓尔喀再度入侵卫藏，在攻占日喀则期间大肆破坏扎什伦布寺，此为第二次廓尔喀战争，丹增班久再度前往聂囊作战谈判，但不幸的是，廓尔喀军队突然袭击代表团的驻地，丹增班久被廓尔喀军队俘获，戴上枷锁押往加德满都，这一事件对他来说是致命的打击，除了屈辱被俘、失去人身自由外他的公职也被清廷废除，在加德满都羁押期间思乡甚重的他曾写下一首囊玛乐词《欢愉的圣地拉萨》

གནས་མཆོག་སྐྱིད་པའི་ཕ་ཡུལ། །

ཡིད་འོངས་ལྷ་སའི་གནས་མཆོག། །

ཕ་ཡུལ་མཇལ་དགོས་བསམ་ན། །

ལྷ་སའི་གྲོང་ལ་ཕེབས་འགྲོ། །

故土欢愉圣地

吾心寄于拉萨

思心若欲奔赴

祈请赴往拉萨